Система управления двигателем 1,6 Duratec Ti-VCT в основном отличается от системы управления двигателями1,4 и 1,6 Duratec наличием двух датчиков детонации, расположенных на передней стенке блока цилиндров в зоне 1–2 и 3–4 цилиндров, а также датчика массового расхода воздуха на впуске (вместо датчика абсолютного давления и температуры воздуха на впуске), расположенного на крышке воздушного фильтра. К числу исполнительных устройств, которыми управляет ЭБУ (наряду с перечисленными в системе управления двигателями 1,4 и 1,6 Duratec) относятся также электромагнитные клапаны системы изменения фаз газораспределения. Датчик температуры охлаждающей жидкости ввернут в резьбовое отверстие выпускного патрубка головки блока цилиндров.

При включении зажигания электронный блок управления (ЭБУ) на 2 сек запитывает реле топливного насоса для создания необходимого давления в топливной рампе. Если в течение этого времени проворачивание коленчатого вала стартером не началось, ЭБУ выключает реле и вновь включает его после начала проворачивания.
Если двигатель только что пустили и его обороты выше 400 мин^-1, система управления работает в разомкнутом контуре, не учитывая сигнал от управляющего датчика концентрации кислорода. При этом ЭБУ рассчитывает состав топливовоздушной смеси на основе входящих сигналов датчика температуры охлаждающей жидкости и датчика абсолютного давления воздуха во впускном коллекторе. После прогрева управляющего датчика концентрации кислорода система начинает работать в замкнутом контуре, учитывая сигнал датчика.
Если при попытке пуска двигателя он не пустился и есть подозрение, что цилиндры залиты излишним топливом, их можно продуть, полностью нажав педаль «газа» и включив стартер. При этом дроссельная заслонка откроется, и если обороты коленчатого вала будут ниже 400 мин^-1, ЭБУ отключит форсунки. При отпускании педали «газа» ЭБУ включит форсунки. При работе двигателя в зависимости от информации, поступающей от датчиков, состав смеси регулируется длительностью управляющего импульса, подаваемого на форсунки (чем длиннее импульс, тем больше подача топлива).
Во время торможения двигателем (при включенной передаче и сцеплении), когда дроссельная заслонка полностью закрыта, а частота вращения коленчатого вала двигателя велика, впрыск топлива не производится для снижения токсичности отработавших газов.
При падении напряжения в бортовой сети автомобиля ЭБУ увеличивает время накопления энергии в катушках зажигания (для надежного поджигания горючей смеси) и длительность импульса впрыска (для компенсации увеличения времени открытия форсунки). При возрастании напряжения в бортовой сети время накопления энергии в катушках зажигания и длительность подаваемого на форсунки импульса уменьшаются.
При выключении зажигания подача топлива отключается, что предотвращает самовоспламенение смеси в цилиндрах двигателя.

При обслуживании и ремонте системы управления двигателем всегда выключайте зажигание (в некоторых случаях необходимо отсоединить клемму провода от «минусового» вывода аккумуляторной батареи). При проведении сварочных работ на автомобиле отсоединяйте жгуты проводов системы управления двигателем от ЭБУ. Перед сушкой автомобиля в сушильной камере (после покраски) снимите ЭБУ. На работающем двигателе не отсоединяйте и не поправляйте колодки жгута проводов системы управления двигателем, а также клеммы проводов на выводах аккумуляторной батареи. Не пускайте двигатель, если клеммы проводов на выводах аккумуляторной батареи и наконечники «массовых» проводов на двигателе не закреплены или загрязнены.